สำนักงานสภามหาวิทยาลัย
สำนักงานอธิการบดี มี 22 หน่วยงาน คือ
กองบริหารงานทั่วไป
กองแผนงาน
กองคลัง
กองบริหารงานวิจัย
กองทรัพยากรบุคคล
กองวิเทศสัมพันธ์
กองกิจการนักศึกษา
กองกฎหมาย
กองบริหารการศึกษา
กองเทคโนโลยีสารสนเทศ
กองพัฒนาคุณภาพ
กองกายภาพและสิ่งแวดล้อม
ศูนย์บริหารสินทรัพย์
ศูนย์บริหารจัดการความเสี่ยง
ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก
ศูนย์บริหารทรัพย์สินทางปัญญา
ศูนย์จิตตปัญญาศึกษา
โครงการจัดตั้งสถาบันอุทยานธรรมชาติวิทยาสิรีรุกขชาติ
โครงการจัดตั้งวิทยาเขตอำนาจเจริญ
ศูนย์บริหารความปลอดภัยอาชีวอนามัยและสิ่งแวดล้อม
โครงการจัดตั้งวิทยาเขตนครสวรรค์
โรงเรียนสาธิตนานาชาติ มหาวิทยาลัยมหิดล
คณะ มี 17 คณะ คือ
คณะทันตแพทยศาสตร์
คณะวิศวกรรมศาสตร์
คณะเทคนิคการแพทย์
คณะเวชศาสตร์เขตร้อน
คณะพยาบาลศาสตร์
คณะสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์
คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี
คณะสัตวแพทยศาสตร์
คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล
คณะสาธารณสุขศาสตร์
คณะเภสัชศาสตร์
คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์
คณะวิทยาศาสตร์
บัณฑิตวิทยาลัย
คณะศิลปศาสตร์
คณะกายภาพบำบัด
คณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
สถาบัน มี 8 สถาบัน คือ
สถาบันนวัตกรรมการเรียนรู้
สถาบันโภชนาการ
สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน
สถาบันชีววิทยาศาสตร์โมเลกุล
สถาบันวิจัยประชากรและสังคม
สถาบันแห่งชาติเพื่อการพัฒนาเด็กและครอบครัว
สถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเอเชีย
สถาบันสิทธิมนุษยชนและสันติศึกษา
วิทยาลัย มี 6 วิทยาลัย คือ
วิทยาลัยการจัดการ
วิทยาลัยราชสุดา
วิทยาลัยดุริยางคศิลป์
วิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา
วิทยาลัยนานาชาติ
วิทยาลัยศาสนศึกษา
หอสมุดและคลังความรู้มหาวิทยาลัยมหิดล
ศูนย์ มี 11 ศูนย์ คือ
ศูนย์ตรวจสอบสารต้องห้ามในนักกีฬา
ศูนย์สัตว์ทดลองแห่งชาติ
ศูนย์ส่งเสริมจริยธรรมการวิจัยในคน
ศูนย์ตรวจสอบภายใน
ศูนย์พัฒนาปัญญาคม
วิทยาเขต มี 3 วิทยาเขต คือ
วิทยาเขตอำนาจเจริญ
วิทยาเขตนครสวรรค์
วิทยาเขตกาญจนบุรี
สภาคณาจารย์มหาวิทยาลัย
